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保护区森林类型多样、地形复杂、雨量充沛,倒木、枯立木交错横生,枯枝落叶层深厚肥沃,为腐生、兼性寄生等不同生态习性的真菌种群提供了优越的生长发育条件,孕育着丰富的真菌资源,经过多年的调查、采集,共整理鉴定出580余种,分别隶属于7纲21目59科
本区已知的食用菌有130余种,其中利用价值较大的有80种,当地传统食用的有30多种。其中金顶侧耳、小密环菌和亚侧耳为世界著名食用菌;大杯伞、白香菇、猴头菌 、木耳等均为味道鲜美的珍品;另有欧美广为食用的松乳菇、短裙竹荪和绣球菌等。本区的药用真菌有65种,象猴头菌、珊瑚状猴头、绣球菌等不仅可食用也可药用。本区的毒菌有31种,毒性较大的有毒红菇、密褶黑菇、臭红菇等,毒杯伞和异形毒杯伞为剧毒菌;毒粉褶菇、鹿花菌为极毒菌。
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